Hiện nay, Viện Khoa học và Công nghệ Môi trường có hai Bộ môn: Công nghệ Môi trường và Quản lý Môi trường. Trong quá trình phát triển, Viện đã được Nhà nước đầu tư Phòng Thí nghiệm Nghiên cứu và Phát triển Công nghệ Môi trường và hai Trung tâm: (1) Trung tâm Sản xuất sạch, từ năm 1998 đến nay có chức năng đầu mối của Việt Nam thực hiện Dự án “Trung tâm Sản xuất sạch Việt Nam” VIE/96/03 do UNIDO điều hành với sự tài trợ của SECO Thụy Sĩ, và (2) Trung tâm Quan trắc Môi trường và Kiểm soát Ô nhiễm Công nghiệp, từ năm 2000 đến nay, Trung tâm thực hiện nhiệm vụ quan trắc môi trường công nghiệp trong mạng lưới quan trắc môi trường quốc gia.